Για τη δεύτερη βυζαντινή περίοδο (961 -1204 μ.Χ.) δεν υπάρχουν πληροφορίες για το χωριό. Το πιθανότερο είναι ότι σ' αυτά τα χρόνια μετατράπηκαν τα ρωμαϊκά λουτρά σε ναό της αγίας Αικατερίνης. Πρόκειται για μια ήρεμη περίοδο η οποία λήγει με την κατάληψη της Κρήτης από τους Ενετούς.