Ένας μικρός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη βρίσκεται μέσα στην μονή Παλιανής πάνω σε ψηλό βράχο και σε μικρή απόσταση ΝΔ του καθολικού. Ανήκει και αυτός στον τύπο του μονόχωρου δρομικού καμαροσκέπαστου, του πλέον διαδεδομένου αυτήν την περίοδο.

Η δίκλιτη εκκλησία του Αγίου Γεωργίου (Άγιος Γεώργιος και Αγία Αικατερίνη), η οποία μάλιστα πρόσφατα συντηρήθηκε από την 13η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων,

Στον οικισμό Απόλλωνα της ενετοκρατίας ανήκει και ο ναός της Αγίας Θεοτόκου, ο οποίος πιθανότατα ταυτίζεται με την εκκλησία της Παναγίας που αναφέρεται στο έγγραφο Ecclesiarum et monasteriorum Communis του 1320, είναι μια όμορφη εκκλησία κτισμένη δίπλα στον ποταμό Απόλλωνα και στο δρόμο που σήμερα οδηγεί στο φαράγγι του Αγίου Φανουρίου.

Στο μοναστήρι λειτουργεί πάνω από 10 χρόνια μουσείο με τα εναπομείναντα ευρύτατα της μονής, τα οποία είναι καθ’ όλα αξιόλογα. Εκτίθενται εικόνες, ιερά κειμήλια και διάφορα βιβλία μεγάλης ιστορικής και αρχαιολογικής αξίας.