Σημαντικότατο μνημείο της Β΄ βυζαντινής περιόδου στην Κρήτη, η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη στον οικισμό Ρουκάνι, στέκεται σε αρκετά καλή κατάσταση. Ανήκει πιθανότατα, σε ένα μοναστηριακό οικοδόμημα αφιερωμένο στον Αγιο Ιωάννη Θεολόγο και αποτελεί το καθολικό της μονής.
Η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη ανήκει στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου βυζαντινού ναού, ελλαδικού τύπου, που συναντούμε κατά τον 11ο κυρίως αιώνα στην ελληνική επικράτεια. Η κατασκευή του Αγίου Ιωάννη απαιτεί εξειδικευμένες αρχιτεκτονικές γνώσεις και υψηλό σχεδιασμό, γεγονός που της παραπέμπει στο να υποθέσουμε ότι οι κατασκευαστές του κτίσματος προέρχονταν από την πρωτεύουσα τότε του βυζαντινού κράτους, την Κωνσταντινούπολη.
Στον ευρύτερο χώρο του Αγίου Ιωάννη, σε ανασκαφικές έρευνες του 2000, βρέθηκε τμήμα ρωμαικής δεξαμενής και μια σειρά τάφων ενετικής περιόδου των οποίων τα ευρήματα επιβεβαιώνουν την λειτουργία του χώρου ως μοναστηριού. Στον χώρο έχει βρεθεί μολύβδινη σφραγίδα με χαραγμένο το όνομα του Ανδρέα Ρουκάνι, ηγουμένου της Μονής η οποία σήμερα εκτίθεται στο ιστορικό Μουσείο.
Σήμερα ο ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον πρόδρομο και εορτάζεται στις 29 Αυγούστου.
