Χλωρίδα
Η ποικιλότητα των ειδών χλωρίδας στην περιοχή είναι μικρή, λόγω της ύπαρξης σκίασης από τα κυριαρχούντα είδη που είναι το πλατάνι και ο βάτος.
Συνολικά στο φαράγγι εμφανίζονται μέχρι τώρα 120 είδη φυτών από τα οποία τα 40 απαντώνται στις κοίτες των ποταμών και τα υπόλοιπα στα πρανή. Ενδημικά είδη εμφανίζονται μόνο στα πρανή των φαραγγιών όπου υπάρχουν 11 είδη, από τα οποία τα 2 είναι σπάνια και τα 9 κοινά ενδημικά της Κρήτης. Τα σπάνια είδη είναι η καμπανούλα, Campanula tubulosa, που φυτρώνει στη Δυτικά Κρήτη και η Νεπέτα, Nepeta melissifolia, που είναι ενδημικό της Κρήτης και της Μήλου και συναντάται σε μικρούς πληθυσμούς.
Σημαντικό στοιχείο της χλωρίδας του φαραγγιού είναι η παρουσία σημαντικού πληθυσμού ενός ψυχρόβιου δένδρου Φτελιάς Ulmus minor ssp. Canescens. Το είδος αυτό απαντάται με λίγα άτομα σε περιοχή των Χανίων και θεωρείται ότι είναι εισαγόμενο. Η ύπαρξη ενός σημαντικού πληθυσμού στο Κνωσανό φαράγγι, δείχνει ότι το είδος είναι ιθαγενές της Κρήτης, υπόλειμμα μιας άλλοτε ψυχρής εποχής, όταν δηλαδή υπήρχαν παγετώνες στην ηπειρωτική Ευρώπη.
Πανίδα
Δύο μεταναστευτικά είδη πουλιών που συναντώνται στο φαράγγι είναι οι μυγοχάφτες και οι τσαλαπετεινοί. Υπάρχουν επίσης κάργιες και ορισμένα βραχόβια είδη, όπως ο γαλαζοκότσυφας. Η πλειονότητα των υπολοίπων ειδών είναι η τυπική της θαμνώδους βλάστησης. Στα σημεία όπου υπάρχουν τέλματα γλυκού νερού και παραποτάμια δέντρα συναντάται μεγάλη ποικιλία στρουθιόμορφων, όπως σπίζες και παπαδίτσες. Επίσης, στο φαράγγι απαντάται η νεροχελώνα και τα αμφίβια πρασινόφρυνος και δεντροβάτραχος.
