Είναι η μεγαλύτερη ίσως κωμόπολη της Περιφερειακής ενότητας του Καλλικρατικού Δήμου Ηρακλείου, απέχει 19,4 χιλιόμετρα από το Ηράκλειο και είναι χτισμένη στους βορειοδυτικούς πρόποδες του υψώματος Ρόκκα (ύψος 507, 40 μέτρα) σε υψόμετρο 350 μέτρων.
Ο πλούτος της κωμόπολης είναι ανάλογος με τον πλούτο της ιστορίας του Προφήτη Ηλία. Γνωρίζουμε ότι επιλέχτηκε και οικοδομήθηκε εδώ η «πρωτεύουσα» της Κρήτης μετά την ανακατάληψη του νησιού από τους Βυζαντινούς το 961, οι οποίοι την απέσπασαν από τα χέρια των Σαρακηνών που την είχαν κατακτήσει (823 ή 828). Επομένως η θέση μπορεί να ειπωθεί με βεβαιότητα ότι «φιλοξενούσε» οικισμό κατά τη Β΄ βυζαντινή περίοδο.
Γνωρίζουμε επίσης ότι οι αρχαιολογικές έρευνες απέδειξαν πως στη θέση του υψώματος Ρόκκα υψωνόταν κατά την προχριστιανική εποχή (τους ιστορικούς χρόνους) η πόλη Λύκαστος (αργυρόεσσα Λύκαστος) της Ομηρικής Εκατόμπολης, πάνω στην οποία ο Νικηφόρος Φωκάς οικοδόμησε το φρούριο «Τέμενος». Επομένως ο τόπος κατοικούνταν από τα ιστορικά χρόνια (περίπου το 1.000 π.χ.) και ίσως παλιότερα.
Στα επόμενα χρόνια πάνω στις βυζαντινές εγκαταστάσεις χτίστηκε το βενετσιάνικο Καστέλι του Τεμένους (Castello Temene) που το ονόμασαν «Rocca» (= φρούριο σε βράχο) με τον οικισμό στους πρόποδες έξω από το φρούριο να αποτελεί τον «βούργο» του καστελιού. Γιαυτό και δεν καταγράφεται σε καμία από τις βενετσιάνικες απογραφές που γνωρίζουμε.
Πρωτοεμφανίζεται στην πρώτη οθωμανική απογραφή (1671) με το όνομα Nefs Temeno (= πρωτεύουσα της επαρχίας Τεμένους) και στις επόμενες γνωστές απογραφές εμφανίζεται με το όνομα Κανί Καστέλι (αντί του ορθού: Κανλί Καστέλι = Ματωμένο φρούριο), λόγω της σφαγής των Τούρκων που γιόρταζαν αμέριμνοι την κατάληψη του χωριού το 1647 και δέχτηκαν την ξαφνική αντεπίθεση Κρητικών και Βενετσιάνων.
Μετά την Οθωμανική κατάκτηση της Κρήτης το Κανλί Καστέλι ολόκληρο και το φρούριο δόθηκαν ως φέουδο στον προδότη του Χάνδακα, Ανδρέα Μπαρότση και στη συνέχεια σε διάφορους άλλους φεουδάρχες (Κορέσι, Κορνάρο, Κουερίνι, κ.λπ.) πιστούς στην Βενετσιάνικη Αρχοντία.
Πλούσια η ιστορία της κωμόπολης καθόλη την Οθωμανοκρατία και ιδιαίτερα κατά τον 19ο και 20 αιώνες. Οι αγώνες και οι μάχες που έγιναν μέσα και γύρω από την κωμόπολη καταγράφτηκαν από ποιητές, περιηγητές και αυτόπτες μάρτυρες σε σημαντικά ποιητικά, αφηγηματικά και ιστορικά έργα.
Σήμερα ο Προφήτης Ηλίας (μετονομάστηκε το 1955) παρουσιάζει την μεγαλύτερη ανάπτυξη στην περιφέρεια του Δήμου Ηρακλείου, διαθέτοντας εστιατόρια, αγροτουριστικά καταλύματα,καφενεία, ουζερί, οινοποιεία, εμπορικά καταστήματα, διοικητικές αρχές, υποκαταστήματα τραπεζών, συνεργεία…
Πολλά και σημαντικά επίσης είναι τα σημεία φυσικού, ιστορικού, αρχαιολογικού, αρχιτεκτονικού, πολιτισμικού ενδιαφέροντος που ο επισκέπτης μπορεί να γνωρίσει όπως (αναφέρονται ενδεικτικά): το σπήλαιο του «Διάκου τα κελιά», το βυζαντινό Τέμενος,ο αρχαιολογικός χώρος της Λυκάστου, η «Μεγάλη» και «Μικρή Φοντάνα», οι εκκλησίες Παναγιάς Καρδιώτισσας, Παναγιά στη θέση «Κακή σκάλα», ο «Φανταξόσπηλιος», το μοναστήρι της Αγίας Άννας και πολλά άλλα.
Η κωμόπολη είναι ενταγμένη στο πρόγραμμα «Δρόμοι του Κρασιού» και στη διαδρομή Πεζά – Χουδέτσι – Προφήτης Ηλίας – Κυπάρισσος – Πύργος. Από την κωμόπολη διέρχεται και το Ευρωπαϊκό μονοπάτι Ε4. (Το μονοπάτι διέρχεται από τις περιοχές Αγία Άννα, Βιτσίλα – Λύκαστος, Κανλί Καστέλι, παραπόταμος του Γιόφυρου, Κυπαρίσσι, Βενεράτο) και από εκεί συνεχίζει για το Μαλεβίζι. Σημαδεύεται με πινακίδες και έχει καταγραφεί σε κάθε σύγχρονο χάρτη. Μπορεί κανείς να περπατήσει άνετα σε παράπλευρες διαδρομές της, το ποτάμι του Γιόφυρου).
Κεντρικός ναός της κωμόπολης είναι η δίκλιτη εκκλησία των «Προφήτη Ηλία και Ευαγγελισμού της Παναγίας» που οικοδομήθηκε το 1887.
