Ο σημαντικότατος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου στα Βλαχιανά ανήκει στον τύπο του δίκλιτου καμαρασκέπαστου ναού, με το βόρειο όμως κλίτος να είναι χαμηλότερο και λιγότερο ευρύχωρο από το νότιο, ενώ ταυτόχρονα και το ανατολικό του μέρος να είναι χαμηλότερο από το δυτικό.
Ο τοιχογραφημένος εσωτερικός διάκοσμος του ναού, ο οποίος διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση, χρονολογείται με βάση την επιγραφή που έχει διασωθεί στο 1447. Οι τοιχογραφίες είναι καλής ποιότητας με πολυπρόσωπες συνθέσεις, όπου τα πρόσωπα χαρακτηρίζονται από κλασική και φωτεινή ομορφιά. Αξίζει μάλιστα να σημειωθεί ότι στο συγκεκριμένο μνημείο αναγνωρίζονται τα προδρομικά στάδια της τέχνης της Κρητικής Σχολής που θα κάνει την εμφάνισή της δυναμικά τον επόμενο 16ο αι. Μάλιστα, η εικονογράφηση του Δοξαστικού των Χριστουγέννων στην πολύ μεγάλη σύνθεση του δυτικού τοίχου του ναού είναι μοναδική ανάμεσα στους σύγχρονους ναούς και επαναλαμβάνεται μόνο από τους Κρητικούς ζωγράφους του 16ου αι. και στον Άθω. Η πολύ καλή ποιότητα της ζωγραφικής στην εκκλησία του Μιχαήλ Αρχάγγελου στα Βλαχιανά σχετίζεται ίσως με το επίπεδο παιδείας του χορηγού, που κατέχει το ναό με jus patronato (υπό πατρωνεία δημοσίου δικαίου), όπως βεβαιώνει το οικόσημο του φεουδάρχη στο υπέρθυρο της εισόδου (αν και το όνομα του φεουδάρχη παραμένει δυστυχώς αταύτιστο). Εξωτερικά η εκκλησία διακοσμείται στη βόρεια πλευρά και πάνω από την είσοδο με τα λεγόμενα «ρόδια», διακοσμητικά δηλαδή πινάκια, τα οποία εντοιχίζονται σε σχήμα σταυρού πάνω από πόρτες ή παράθυρα των εκκλησιών της Ενετοκρατίας. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι ανάγλυφες διακοσμήσεις των πλαισίων των θυρών και του αγιοθύριδου, οι οποίες είναι επηρεασμένες από τον γοτθικό ρυθμό που εισάγεται στην αρχιτεκτονική της Κρήτης κατά τη Βενετσιάνικη περίοδο. Χαρακτηριστικό γνώρισμα του ρυθμού είναι τα λαξευτά οξυκόρυφα τόξα που τοποθετούνται πάνω από τις θύρες. Στο ημικυκλικό τύμπανο του ανακουφιστικού τόξου σώζονται τοιχογραφίες, ενώ στο ανώφλι υπάρχει το λαξευτό στέμμα της βενετικής οικογένειας. Σημειώνεται τέλος ότι ο ναός έχει σήμερα συντηρηθεί από την 13η ΕΒΑ με τη χρηματοδότηση του δήμου Παλιανής.
Η κρήνη που υπάρχει αμέσως ΒΔ του ναού, το «Καβούσι» σύμφωνα με τους ντόπιους, καταγράφεται επίσης από τον Gerola, ο οποίος την περιγράφει ως «υδατοδεξαμενή με θολωτή στέγαση και τοξωτό άνοιγμα διακοσμημένο με διπλό κυμάτιο». Επίσης αναφέρει την ύπαρξη εγχάρακτης επιγραφής με τη χρονολογία 1447, ίδια δηλαδή με αυτήν της εκκλησίας του Μιχαήλ Αρχαγγέλου.
