Στην είσοδο του φαραγγιού του Αγίου Φανουρίου βρίσκεται ο ομώνυμος ναός, κτισμένος στις όχθες του ποταμού Απόλλωνα μέσα στην πυκνή βλάστηση και κάτω από μια εντυπωσιακή κλίση του βράχου που υψώνεται απότομα πάνω από την εκκλησία.
Ο παλιός αυτός σπηλαιώδης ναός ανακαινίστηκε πριν από το 1940 χάνοντας δυστυχώς την παλιά γραφικότητά του. Η αρχαιότερη μνεία σχετική με την περιοχή του Αγίου Φανουρίου, προέρχεται από τουρκικό έγγραφο του 1673, λίγα μόλις χρόνια μετά την της κατάληψης της Κρήτης από τους Οθωμανούς. Τότε λειτουργούσαν στην περιοχή, όπως είναι φυσικό, υδρόμυλοι. Ένας τέτοιος πέτρινος μύλος σώζεται ακόμη σήμερα σε μικρή απόσταση ανατολικά του Αγίου Φανουρίου. Στο ίδιο τουρκικό έγγραφο του 1673 αναφέρεται και η βενετσιάνικη κρήνη, η οποία βρισκόταν δίπλα στην εκκλησία του Αγίου Φανουρίου. Σήμερα από την κρήνη αυτή δε σώζονται παρά ελάχιστα τμήματά της χωρίς μάλιστα να είναι ευδιάκριτα για τον απλό περιπατητή. Ο Gerola, ο οποίος είχε φωτογραφήσει την κρήνη, μας έχει διασώσει και την επιγραφή που υπήρχε σε αυτήν: Πέτρος 1497.
