Στον οικισμό Απόλλωνα της ενετοκρατίας ανήκει και ο ναός της Αγίας Θεοτόκου, ο οποίος πιθανότατα ταυτίζεται με την εκκλησία της Παναγίας που αναφέρεται στο έγγραφο Ecclesiarum et monasteriorum Communis του 1320, είναι μια όμορφη εκκλησία κτισμένη δίπλα στον ποταμό Απόλλωνα και στο δρόμο που σήμερα οδηγεί στο φαράγγι του Αγίου Φανουρίου.
Κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας και σε έγγραφο του 1754, γίνεται εκ νέου αναφορά στην εν λόγω εκκλησία και στην ιδιαίτερα κακή κατάσταση διατήρησής της. Η χρονολόγηση της μονής στην περίοδο της ενετοκρατίας επιβεβαιώνεται, εκτός από τις αναφορές σε γραπτές πηγές και από τα αρχιτεκτονικά στοιχεία και τη γλυπτική διακόσμηση που παρατηρείται στο αγιοθύριδο. Επιπλέον σήμερα σώζεται στο δυτικό άκρο του βόρειου τοίχου της εκκλησίας, όπου και το καμπαναριό της εκκλησίας, εξώθυρο όμοιο στην κατασκευή με αυτό του βενετσιάνικου μεγάρου μέσα στον οικισμό του Βενεράτου. Γύρω από την εκκλησία παρατηρούνται σε σημαντική έκταση ερείπια του παλιού οικισμού του Απόλλωνα. Σε μικρή απόσταση ΒΑ της εκκλησίας της Αγίας Θεοτόκου και πάνω σε χαμηλό λόφο βρίσκεται η εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Η σημερινή εκκλησία είναι ξαναχτισμένη στα νεώτερα χρόνια, αλλά από τον παλιό ναό σώζεται ο νότιος τοίχος, ο οποίος έχει μείνει εξωτερικά του ναού χωρίς να ενσωματωθεί στο σύγχρονο κτίσμα.
